Inhibe la respiración de las células del hongo. Las enzimas que afectan al ciclo de Krebs se desactivan y no se produce ATP.

Al no poder completar este proceso esencial, la célula muere. Se considera que Clorotalonil actúa como un fungitóxico general, no específico. Se caracteriza por ser de acción rápida, acumulándose grandes cantidades en las células del hongo y reaccionando indiscriminadamente con los componentes celulares. Lossíntomas generales de la interacción entre el Clorotalonil y las células fúngicas son el retardo en el crecimiento del micelio y la inhibición de la germinación del as esporas.